На основе показателей бактериопланктона и бактериобентоса проведена оценка экологического состояния озера Комсомольское в осенне-зимний период. Вода озера по общей численности бактериопланктона оценивалась как «условно чистая» – «слабо загрязненная», т.е. I-II класса качества, согласно нормативам Росгидромет. Установлено, что в условиях насыщенности воды сульфатами, в гидроэкосистеме озера происходило развитие сульфатредуцирующих и сероокисляющих бактерий. В донных отложениях наблюдалось массовое развитие сульфатредукторов и создавались крайне благоприятные условия для роста сероокисляющих бактерий. Экологическое состояние озера, согласно шкале экологических модификаций, по общей численности бактериобентоса оценивалось как «норма», а по числу сульфатредукторов в донных отложениях – как «предкризисное». В подледный период происходило вертикальное перераспределение численности пурпурных фотосинтезирующих сероокисляющих бактерий в гидроэкосистеме озера, основная масса этой группы бактерий перемещалась из донных отложений в поверхностный слой воды, что, вероятно, связано с необходимостью использовать солнечный свет для осуществления фотосинтеза. Зимой в поверхностном слое воды озера также было отмечено развитие бесцветных хемолитотрофных серобактерий. В условиях недостатка кислорода, в подледный период может произойти массовое развитие пурпурных серобактерий, осуществляющих фотосинтез и активно потребляющих сероводород, поставляемый в больших количествах сульфатредуцирующими бактериями. В результате этого возможно уменьшение прозрачности и окрашивание поверхностного слоя воды озера. Такие случаи в последние годы неоднократно отмечались на озере местными жителями из числа рыбаков. Поэтому в зимнее время года крайне необходимо проведение мер по обогащению поверхностных вод озера кислородом, что будет способствовать улучшению гидрохимического состава воды, подавлению роста анаэробных сульфатредукторов, а также развитию аэробных микроорганизмов.