Изучено состояние макрозообентоса основных биотопов Сямозера: затишной зарослевой и прибойной песчаной литорали, илов профундали и каменистых луд. Состав макрозообентоса оз. Сямозеро включает 182 таксона беспозвоночных, относящихся к 7 типам, 10 классам, 19 отрядам и 66 семействам. Наибольшим разнообразием (52 вида и рода) отличается сем. Chironomidae. Максимальные биомассы макрозообентоса характерны для затишной зарослевой литорали (8,7 г/м2) и илов профундали (7,3 г/м2). Меньшие биомассы отмечены для камней каменистопесчаных луд (5,7 г/м2) и песчаной прибойной литорали (2,8 г/м2). Амплитуда многолетних колебаний (1954–1993 гг.) средней биомассы макрозообентоса на мягких грунтах Сямозера по осенним показателям изменялась от 0,9 до 5,4 г/м2. По структуре и величине биомассы макрозообентоса Сямозеро относится к мезогумозным мезотрофным озерам хирономидной группы или, по «шкале трофности», – кмезотрофным.