В условиях долгосрочного модельного эксперимента исследована биологическая активность почв, сформировавшихся в процессе естественного лесовосстановления соснового древостоя (30 % выборка деревьев и 100 % удаление древостоя). Исследования проводили в буферной зоне заповедника «Кивач», расположенного в среднетаёжной подзоне Карелии. Оценку почв трансформированных экосистем проводили на основе анализа структурно-функциональной организации микробоценоза. Установлено изменение численности и состава, ферментативной активности почв, подверженных разной степени вырубки древостоя. Полученные данные можно рекомендовать использовать в мониторинговых исследованиях почв лесных экосистем.