Обобщены результаты работ по изучению анаэробных процессов (на примере сульфатредукции) в донных отложениях двух связанных в систему малых бореальных озер Архангельской области, одно из которых антропогенно нагружено, второе находится практически в естественном состоянии. Отмечено, что распределение реакционноспособного железа в воде и донных отложениях свидетельствует о развитии уже в поверхностных горизонтах донных отложений озера Нижнее восстановительных условий в результате создания в гиполимнионе анаэробных условий. Установлено, что наличие значительных количеств органического вещества в пелитовых илах исследуемых водоемов не является фактором, лимитирующим протекание процесса сульфатредукции, а приводит к накоплению соединений восстановленной серы – производных бактериального сероводорода в донных отложениях. На основании сравнительного анализа количественных параметров процесса сульфатредукции (концентраций соединений восстановленной серы, органического углерода и реакционноспособного железа) показано, что в озерах Верхнее и Нижнее содержание и соотношение форм восстановленной серы может выступать в качестве маркера антропогенного воздействия на водоем. Анализ полученных данных позволяет оценить экологическую обстановку в озере Нижнее как неблагополучную, при этом в гидрографически связанном с ним озере Верхнее она в целом благоприятна.