На основании цепной реакции полимеразы и полиморфизма длины рестриктов митохондриальной ДНК изучены материнские линии популяций кумжи Восточной Фенноскандии, бассейнов Балтийского, Белого и Баренцева морей. Распределение гаплотипов отражает историю развития ихтиофауны в ледниковый и послеледниковый периоды. Подробно изучена предполагаемая послеледниковая контактная зона в системе реки Ковда, в районе КуусамоПаанаярви. Одна материнская линия проникла в этот район в период трансгрессии беломорского озерно-ледникового водоема (9500 л.н.). Популяция озерной форели озера Паанаярви и несколько реликтовых стад ручьевой форели из водоемов, расположенных выше 170 м современного уровня моря, представляют самый ранний период, отмеченный уникальным митохондриальным гаплотипом, встречающимся только в озерных популяциях Республики Карелия. Западная часть верховий системы реки Ковда заселялась во время трансгрессии Анцилового озера на месте части нынешнего Балтийского моря. Озеро Китка
образовалось на границе отступающего ледника 9400-9500 л.н. и заселялось из бассейна Балтийского моря. Из-за поднятия земной коры около 8400 л.н., озеро приобрело уклон к востоку и отделилось от бассейна Балтийского моря. Проникновению рыб из Паанаярви мешал семиметровый водопад. Озерная форель из Озера Китка спускается на нерест в реку Китка выше водопада, но колонизации оз. Паанаярви балтийскими митохондриальными гаплотипами не произошло. Анадромные популяции кумжи Кольского полуострова имеют явные отличия от озерных популяций Карелии, так как заселялись из другого рефугиума. У кумжи Онежского и Ладожского озер одни частоты гаплотипов, связанные, но не идентичные пресноводным популяциям северной Балтики, что также подтверждает гипотезу о том, что они возникли в ходе первой волны колонизации в бассейне Балтийского моря. Филогеографические особенности кумжи еще раз показывают значение водосбора Белого и Балтийского морей в качестве основного барьера для водной фауны, о чем свидетельствуют и более ранние исследования сообщества хариуса, лосося и паразита Gyrodactylus salaris.