В работе рассматриваются подходы к формированию электронных коллекций, организации хранения и поиска данных на основе XML и других технологий семантического веба, реализованные в проекте «Научная электронная библиотека eLibrary.ru» и электронном журнале «Lobachevskii Journal of Mathematics». Обсуждается возможность создания электронных хранилищ нового типа, характеризующихся наличием динамических интеллектуальных связей между документами разных типов, на основе спектра языков разметки, широко применяемых в математических, химических, биологических и других предметных областях.