Образование Карело-Финской союзной республики в 1940 году породило новые инициативы по развитию науки в Карелии. Встал вопрос о создании республиканского филиала Академии наук СССР. Но реализации этих замыслов помешала Великая Отечественная война. Архив удалось перевезти вглубь страны, КНИИК эвакуировали в Сыктывкар. Там в 1942 году институт временно прекратил свою деятельность, но уже в 1943 году возобновил ее в Беломорске. Штат института в то время состоял всего из пяти человек. В его задачу входил сбор материалов о войне, включая Карельский фронт, тыл и партизанское движение. В Петрозаводск КНИИК вернулся сразу после освобождения города летом 1944 года.
В мае 1945 года вновь встал вопрос об открытии в Петрозаводске базы АН СССР. Одним из первых шагов стало преобразование КНИИКа в Институт истории, языка и литературы и включение его в состав создаваемой Карело-Финской базы АН СССР. К концу года вопрос об организации базы был согласован на всех уровнях. 31 января 1946 года на распорядительном заседании Президиума АН СССР был рассмотрен вопрос "Об организации Карело-Финской базы АН СССР". Именно эта дата положила начало существованию в нашем регионе подразделения Академии наук. Утвердили структуру, руководство и состав Ученого совета базы. Ее директором стал академик Александр Полканов, крупный ученый, геолог-петрограф. В конце 1946 года в штате Карело-Финской базы АН СССР значилось 59 научных сотрудников, включая 5 докторов и 14 кандидатов наук.

В апреле 1963 года в результате очередной реорганизации несколько крупных региональных филиалов Академии наук СССР, в том числе карельский, прекратили свою деятельность. В составе АН остался только Институт языка, литературы и истории. Остальные подразделения передали в состав министерств и ведомств. Однако спустя три года ошибку пришлось исправлять, и Карельский филиал АН СССР был восстановлен в составе шести научных учреждений.
С тех пор наш центр не раз менял свое название из-за политических преобразований в стране и государственных реформ. В 2017 году он был реорганизован в Федеральный исследовательский центр "Карельский научный центр Российской академии наук".
Сегодня Карельский научный центр РАН включает в себя семь институтов (Биологии, Водных проблем Севера, Геологии, Леса, Прикладных математических исследований, Экономики, Языка, литературы и истории) и Отдел комплексных научных исследований.
Спектр изучаемых сотрудниками КарНЦ РАН научных вопросов очень широк – от движения материков на планете до решения проблем теории вероятностей.
Результаты фундаментальных научных исследований КарНЦ РАН являются основой многих прикладных разработок. Ученые ведут экологический мониторинг водных ресурсов и биоразнообразия Северо-Запада России, готовят обоснования особо охраняемых природных территорий. Второй раз подряд КарНЦ РАН на международном уровне избирается координатором Зеленого пояса Фенноскандии.
Сотрудники институтов создают технологии сохранения и воспроизводства биоресурсов, в том числе карельской березы, лососевых рыб, разрабатывают методы восстановления и рационального использования лесов республики, занимаются разведкой и исследованием минерально-сырьевых ресурсов, изучением региональной экономики и разработкой стратегии управления регионом, решением проблем современной математической науки. Наконец, в фокусе внимания ученых – сохранение национального и культурного наследия народов Карелии.
– Без прошлого не может быть настоящего, и история Карельского научного центра – тому доказательство. Выдержав многочисленные реорганизации, некоторые из которых по факту были ликвидацией, мы упорно продолжаем работать на благо отечественной науки и получать результаты мирового уровня. Юбилейный для КарНЦ год неожиданно совпал с Годом науки и технологий в России, и мы верим, что это событие ознаменует новую страницу в работе нашего центра, – отметила председатель КарНЦ РАН Ольга Бахмет.
Официально мероприятия, приуроченные к 75-летию КарНЦ РАН, стартуют 8 февраля, в День науки, на торжественном заседании Ученого совета.